Javascript - это полноценный динамический язык программирования, который применяется к HTML документу, и может обеспечить динамическую интерактивность на веб-сайтах.
jquery - библиотека JavaScript (jQuery) - jQuery является библиотекой JavaScript, которая упрощает манипуляции с HTML-документами и обработку событий. Пример использования:
$(document).ready(function() { /* ваш код jQuery */ });.